قرآن کریم.
نهجالبلاغه(1394). ترجمه سیدعلی موسوی گرمارودی.تهران: قدیانی.
ارشادی نیا، محمدرضا. (1384). از مدرسه معارف تا انجمن حجتیه و مکتب تفکیک. قم: بوستان کتاب.
تهرانی، میرزاجواد. (بیتا). تفسیر مصباح الهدی. تحقیق سیدمهدی حسینی مجاهد. قم:آفاق نور.
حکیمی، محمدرضا. (1384)مقام عقل. قم: دلیل ما.
__________ . (1378). اجتهاد و تقلید در فلسفه. تهران: دفتر نشر فرهنگ اسلامی.
ربانیگلپایگانی، علی. (1387). عقاید استدلالی. قم: نشر هاجر.
سیدان، سیدجعفر.(1391).آیاتالعقاید. مشهد: ولایت.
__________.(1388)الف. تفسیر بخشی از سوره مبارکه فرقان. مشهد: پایگاه اطلاع رسانی آیتالله سید جعفر سیدان.
___________ . (1388)ب. روش ما در گفتگوهای علمی. مشهد: بینا.
___________ .(1381). میزان شناخت. مشهد: طوس.
دانش شهرکی، حبیب الله و حسن یعقوبی. (1396). عقل از دیدگاه میرزا مهدی اصفهانی و محمدرضا حکیمی. عقل و دین. ش16. شماره صفحات 55-76.
دهقانی محمودآبادی، محمدحسین.(1389). ملاصدرا و تحلیل عقلانی معاد جسمانی.اندیشه دینی.ش36. شماره صفحات 101-124.
صدرالدین شیرازی، محمدبن ابراهیم.(1363). مفاتیح الغیب.تهران: وزارت فرهنگ و آموزش عالى.
طباطبایی، محمدحسین.(1390).المیزان فی تفسیرالقرآن. بیروت:اعلمی.
طوسی، حسن.(بیتا). التبیان فی تفسیر القرآن.تصحیح احمد حبیب عاملی. بیروت: دار احیاءالتراث العربی.
طیبحسینی، سیدمحمود. مولایینیا، عزتالله. پیشوایی، فریده. (1398). تحلیل پیوند عقلگرایی و تفسیر ادبی؛ مطالعه موردی: تفسیر ابومسلم اصفهانی و زمخشری. عقل و دین. ش21. شماره صفحات 177-200.
فخرالدین رازی، عبدالله. (1420). مفاتیح الغیب. بیروت: داراحیاءالتراث العربی.
مرکز اطلاعات و مدارک اسلامی.(1381). فرهنگنامه اصطلاحات فقهی. قم: پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامى دفتر تبلیغات اسلامى حوزه علمیه قم.
مروارید، حسنعلی. (1418). تنبیهات حول المبداء و المعاد. مشهد: مجمع البحوث الاسلامیه.
ملکی میانجی، محمدباقر. (1414). مناهج البیان فی تفسیر القرآن. تهران: وزرات فرهنگ و ارشاد اسلامی.
______________ .(1435). توحیدالامامیه.تهران: وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی.
میرعبداللهی، سیدباقر. پورمحمدی، علی. (1384). نگاهی به مکتب تفکیک(مجموعه مقالات: محمدرضا حکیمی. عقل خودبنیاد دینی؛ سید حسن اسلامی. مکتب تفکیک در بوته نقد؛ صادق لاریجانی. بازخوانی مکتب تفکیک؛ مکتب تفکیک:استقلال وحیانی گفتگو با سیدجعفر سیدان؛ در نقد مکتب تفکیک. گفتگو با غلامحسین ابراهیمی دینانی).تهران.همشهری.
هیات نقد. (1388). نسبت«عقل و وحی» از منظر فلسفه و مکتب تفکیک. قم: پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی.
آموزش اجباری فلسفه در حوزه. گفتگوی فصلنامه محفل با آیتالله سیدان.۳۰آبان۱۳۹۳.